OIE/中国国家口蹄疫参考实验室是在中国农业科学院兰州兽医研究所原口蹄疫研究室基础上组建命名。2002年被农业部命名为9个国家兽医参考实验室之一，2005年被农业部再次命名为3个国家兽医参考实验室之一，2011年世界动物卫生组织（OIE）第79届年会通过决议，认定中国农业科学院兰州兽医研究所国家口蹄疫参考实验室为OIE口蹄疫参考实验室。
自1958年建室以来，国家口蹄疫参考实验室一直从事口蹄疫和猪水泡病的诊断检疫、流行病学监测、免疫预防和病原生物学研究和技术产品的开发推广工作。在国家攻关、攀登计划、“973”和“863”、农业部专项与“948”计划及省市科研计划的支持下，建立了从病原学到血清学系列诊断方法18项，攻克疫苗生产技术和工艺，成功研制了我国目前用于口蹄疫预防的8个疫苗品种。多年来，口蹄疫参考实验室一方面重视动物疫病病原学、分子流行学、病原致病机理、宿主分子免疫机制、病毒分子遗传与变异、宿主嗜性变化及持续感染机制等系统的基础研究工作；另一方面服务国家重大需求，积极投身疫情扑灭与疫苗生产的主战场，其研发的口蹄疫系列诊断检疫技术和疫苗在我国口蹄疫防控中发挥了及其重要的作用。在流行病学研究和疫情监测方面，成功绘制出口蹄疫病毒系统发生树，搞清了病毒的遗传衍化关系，为政府科学决策提供了及时、准确、详实的科学与技术是依据：其研究成果为国家制定口蹄疫防控策略提供了科学依据，技术和产品已成为中国预防口蹄疫的重要手段。在科研成果、人才教育培训、技术产品研究开发等方面取得了丰硕成果，国家口蹄疫参考实验室已成为全国口蹄疫科研、诊断监测、咨询及技术开发中心。
基本职责：（1）承担口蹄疫防治基础研究与应用研究，解决防治工作中的重大和关键性技术难题；（2）研究诊断、预防、控制和扑灭等方面的技术；（3）负责作出最终诊断结论，并将诊断结果报告农业部兽医局；（4）负责提供诊断试剂标样；（5）负责筛选、推荐免疫疫苗生产所用毒种、株，按要求及时向农业部指定的菌（毒）种保藏机构无偿提供；（6）收集、整理、分析流行病学信息，及时向农业部兽医局报告；（7）负责对兽医实验室的口蹄疫诊断、监测进行技术指导、培训；（8）参与国际交流与合作，增进中国与OIE及其成员在兽医新技术、新方法研究等领域的交流与合作；（9）为OIE和有关成员提供诊断技术上的支持和诊断技术标准化服务；（10）参与全球口蹄疫防控和动物产品安全保障事务；（11）受农业部兽医局的委托对兽医实验室的诊断、监测进行校准。
实验室目前开展的主要研究课题：（1）口蹄疫快速诊断技术、高通量检测技术；（2）新型疫苗；（3）黏膜免疫；（4）口蹄疫病毒宿主嗜性和毒力的分子基础；（5）猪口蹄疫的疫源维持与流行成因。
实验室对外服务：（1）免费提供疫情确诊，抗原鉴定和序列分析；（2）血清学检测，免疫效果评价和风险分析；（3）疫苗匹配性试验；（4）标准物质提供；（5）诊断实验室建设；（6）疫苗、消毒剂产品效果测定和评价；（7）技术咨询和人员培训；（8）生物安全三级实验室。
欧洲国家经济发达，交通运输便利，贸易往来频繁，曾因牲畜及畜产品流通而相互传播疫情，引起过口蹄疫大流行。首次确切记载类似口蹄疫的症状出现于1514年的意大利。17—19世纪，欧洲曾多次流行口蹄疫，德国、法国、瑞士、意大利、奥地利等均有流行记载。1839年口蹄疫传入英国，根据Henderson记载，当年8月Stratford和伦敦的牛群发生口蹄疫，同月又感染了Islington的一家大型奶牛场，年末疫情扩展到英格兰的大部分和苏格兰部分地区。但在当时，可能是由于牛瘟等其他疫病的掩盖，直至1880年口蹄疫泛滥成灾时才引起科学家和官方的注意，此后欧洲经历了漫长的口蹄疫控制与消灭过程，但最初收效甚微。20世纪初，口蹄疫在欧洲仍然广泛流行，如1910年口蹄疫疫情由东向西迅速传播，两年内波及所有欧洲国家。第一次世界大战期间，许多欧洲国家出现程度不同的疫情蔓延。1919年末，南欧和西欧发生新一轮大流行，疫情异常猛烈，给整个西欧和中欧导致非常严重损失。1937年，北非疫情传入法国，短时间内传遍法国全境并蔓延至东南欧各国，本次疫情历时10年，给许多国家留下疫点和余波，如1944—1946年间，在法国、比利时、德国、荷兰、丹麦、挪威、瑞典、罗马尼亚、意大利、西班牙、葡萄牙和希腊仍断断续续出现不同规模的口蹄疫流行。
虽然早在1922年法国学者就发现了口蹄疫病毒的多血清型特性，并命名为O型和A型口蹄疫病毒，但当时各国对口蹄疫病毒血清型的鉴定工作基本为空白，直至1942年以后，欧洲国家开始了真正意义上的口蹄疫病毒分型鉴定。1942—1943年，西班牙发生口蹄疫，其流行呈双波浪形，即在同一畜群先后出现两次发病高峰，两次采集的发病牛病料经豚鼠继代、补体结合试验和牛体交叉免疫试验等证实分别为O型和A型口蹄疫病毒。1944—1945年，在西班牙和葡萄牙毗邻边境地区流行的口蹄疫疫情为C型口蹄疫。1948—1949年，德国口蹄疫流行期间，从340份送检病料中分离出158份O型口蹄疫病毒和99份A型口蹄疫病毒，并鉴定出O1、O2和A4等病毒亚型。1952年西班牙口蹄疫由A5亚型引起。1951—1952年，丹麦有26500个疫点，O、A、C三型病毒均有。1960年芬兰发生“温和型”口蹄疫，经实验室鉴定为O型。
口蹄疫病毒分型鉴定为人类利用疫苗防治口蹄疫奠定了基础。就在欧洲口蹄疫第三次（1937—1939）、第四次（1950—1952）大流行期间，口蹄疫疫苗研制取得了突破性进展，德国Riems岛兽医研究所首先制造了用灭活口蹄疫病毒的感染性，用氢氧化铝作为吸附剂的疫苗，并立即运用于口蹄疫防控工作中。德国1949年以后的口蹄疫暴发中，几乎都使用疫苗，并逐步用本地田间分离毒株生产出双价、三价疫苗，成为扑灭疫情和预防疫病的有效武器，德国、法国、苏联、荷兰、南斯拉夫等国家和地区都曾利用疫苗免疫技术有效控制了口蹄疫的大流行。法国的口蹄疫疫情在欧洲国家中较为严重，几乎在欧洲的每次流行中都首当其冲或身陷其中。据不完全统计，1952—1960年，法国共发生口蹄疫45万次（疫点）以上，1957年，开始使用疫苗，1960年，疫苗免疫牲畜近1000万头，占全国牲畜总数的一半以上，1961年，对全国6月龄以上牲畜全部强制免疫接种，实施该项措施后，法国疫情逐年减少，口蹄疫防控取得了显著成绩。苏联在1940—1946年大流行后，1951—1953年再次暴发，主要病毒型为O2和A4亚型，某些地区还有C型，其对口蹄疫防治策略倾向于免疫接种，对易感牲畜包括牛、绵羊和猪普遍进行疫苗免疫，如1954年疫苗免疫动物头数为70万，1959年疫苗免疫动物超过80万头，效果令人满意，不仅控制了疫情，还消灭了某些地区（如吉尔吉斯）的口蹄疫。
20世纪70—80年代，欧洲口蹄疫流行形势发生了变化，多呈地方性小范围流行。主要疫情有：1972年，在匈牙利、南斯拉夫、前苏联和罗马尼亚等地发生的C型口蹄疫；1974年9—10月，西德在保持18个月无疫后出现的新病例；1975年12月，意大利由于疫苗免疫感染出现的牛、猪疫情；1979年，法国诺曼底地区一猪场发生口蹄疫，并扩散至4个猪场共24个疫点；1981年，英国和法国相继发生4次口蹄疫，经分析这4次疫情由同一毒株引起，流行毒株与疫苗毒株无丝毫差别，认为疫情是由实验室逃逸或疫苗灭活不彻底引起；1984年，意大利在经过3年无疫情后，分别发生由A5、C、A5引起的3次疫情，持续至1987年7月，波及全国3/4以上的地区；1984—1988年，西德巴伐利亚、Hannover等地区相继出现口蹄疫，发病动物及同群牲畜全部被销毁处理。
20世纪末，随着对口蹄疫病原结构和特性的深入研究，在经历了多次不同方式的流行之后，人类对口蹄疫的认识也逐步深入，采取了更加有效的防控措施，如疫情报告、禁止感染牲畜迁移、消毒、屠宰、检疫等措施，使口蹄疫疫情在欧洲的发生范围和频度慢慢地减少，到1991年基本上控制并在大多数欧洲国家消灭了口蹄疫。自1991年以来，欧洲发生口蹄疫的国家（时间）为：意大利（1991年、1993年），希腊（1994年、1996年），保加利亚（1991年、1993年、1996年），俄罗斯（1995年），格鲁吉亚（1996年）、阿塞拜疆（1996年）、阿尔巴尼亚（1996年）、马其顿（1996年）、前南斯拉夫科索沃（1996年），亚美尼亚（1996年、1997年）。
2001年2月，平静了近20年的英国再次暴发口蹄疫，截至2001年12月13日，英国已确认发生2030病例，为了控制疫情，593万头动物被扑杀，本次流行给英国造成的直接和间接损失达200亿英镑。为避免口蹄疫在欧洲蔓延，欧盟成员国法国、荷兰、西班牙、德国等全力以赴处理近期从英国进口的各类牲畜，但是，疫情很快波及法国、荷兰、爱尔兰、比利时等国，造成37万头动物被扑杀，其中法国6万头、荷兰25万头、爱尔兰6万头。这次欧洲大陆的口蹄疫疫情给欧洲经济带来非常大的损失，欧盟委员会决定重新审视现行的口蹄疫疫苗接种政策。2007年9月，在英国萨里郡和伯克郡又发生O型口蹄疫，发生原因可能与实验室散毒有关，英国对涉疫动物全部进行了扑杀和无害化处理，同时改变了以往不进行免疫接种的传统，采取了扑杀和免疫接种相结合的措施。俄罗斯从2004年4月至2006年1月，在与中国接壤的边疆地区和滨海边疆区、赤塔州Kalgansky地区共发生了l4起Asia1型和2起O型口蹄疫疫情，对中国边境地区口蹄疫防控产生了巨大的威胁。
欧洲自20世纪90年代以来实行了口蹄疫非免疫政策，因此欧洲国家有两种口蹄疫状态，一是“非免疫无口蹄疫国家”，这类国家最重要的包含英国、俄罗斯联邦以西的大部分欧洲国家、巴尔干地区的波斯尼亚和黑塞哥维那、马其顿、塞尔维亚等地；第二类国家由于未能成功地向世界动物卫生组织提交申请（如摩尔多瓦）或受到四周的国家口蹄疫的威胁而未获得“非免疫无口蹄疫国家”。欧洲跨高加索山的国家大部分是无口蹄疫国家，但受土耳其和伊朗口蹄疫的威胁，所以欧洲口蹄疫防控委员会在欧洲邻近高加索地区和中东实施了口蹄疫监测方案，确保不受外来口蹄疫的侵害。在土耳其，口蹄疫呈地方性流行，主要存在于安纳托利亚东部和东南部，安纳托利亚以西地区主要由于东部和东南部牲畜的迁移而呈散发。另外，俄罗斯联邦成员国的口蹄疫发生情况相对来说比较少。
1780年，Le Vaillant首次描述了一次在南非发生的类似口蹄疫，非洲正式报告的口蹄疫流行出现于1892年。1903年南非再次暴发口蹄疫，怀疑是从阿根廷海运活牛引起的。非洲口蹄疫从未间断，目前依然是口蹄疫流行严重地区。有人认为是水牛将口蹄疫病毒存下来的，也有的人觉得是通过商贸进口的，也可能二者兼有。非洲口蹄疫有其独特的特点：首先，毒型众多，有O、A等血清型，还有主要流行于非洲南部地区的SAT1、SAT2和SAT3型；其次，非洲地区易感动物种类非常之多，尤其包含许多易感野生动物，这使得非洲口蹄疫的防治更为复杂。1948年，博茨瓦纳首次使用了丹麦制造的O-A二型结晶紫灭活疫苗，但毫无免疫保护作用，其原因是疫苗毒株的抗原性与流行毒株不同。1959—1962年，英国使用在津巴布韦分离的两个毒株（SAT1、SAT2）制备的豚鼠继代致弱活毒疫苗先后在南非、、肯尼亚等地区注射84万头牛，有效控制了这些地区口蹄疫的发生。
非洲口蹄疫病毒型分布与地理位置关系紧密，如北非与欧洲相邻以O型为主，南非主要流行3个南非型口蹄疫，东非和西非兼有欧洲型和南非型。
20世纪50年代，口蹄疫在埃及呈地方性局部流行，发生季节与鸟类迁徙相应，病毒型主要是O型和A型，也曾检出SAT2型。利比亚于1964年首次报道发生口蹄疫，1982—1983年又发生O型口蹄疫。阿尔及利亚常年也有口蹄疫发生。地处西北非的摩洛哥在20年无口蹄疫后在1977年1—6月发生严重流行，感染1.25万头牛，同年7月开始使用同源疫苗免疫接种，本次疫情后来经证实是从南美进口肉类引发，病毒株为南美特有的新的A亚型。突尼斯在1965、1967和1969年发生C型口蹄疫。利比亚和埃及在1999—2006年曾受到亚撒哈拉地区口蹄疫的侵袭，主要为A、O和SAT2型。2012年2—3月， SAT2型口蹄疫病毒侵袭埃及，导致4600头动物被扑杀。苏丹2005—2006年多次发生O型口蹄疫，血清学调查表明，该国也有南非型口蹄疫发生。大湖地区的口蹄疫疫情很复杂，该区家畜和野生动物中有多种血清型流行，该区的乌干达、卢旺达、刚果多次发生O型口蹄疫，2005年刚果发生口蹄疫，病毒定型结果为SAT1、SAT2、SAT3和A型。该区的流行复杂性为多种因素所致，如动物免疫不严格、频繁的跨边界交易、气候干旱、难民迁移（如2006年坦桑尼亚难民赶着家畜向乌干达南部迁移，导致乌干达、卢旺达、刚果发生O型口蹄疫）等。2011—2012年年初，北非国家如埃及等发生SAT2型口蹄疫，造成了严重的经济损失，并波及四周的国家和地区，甚至亚洲地区的巴勒斯坦和巴林岛也发现SAT2型疫情。
东非的苏丹口蹄疫流行较为严重，1965年鉴定的毒型主要为O型和A型。1966—1967年，在苏丹分离到A型和SAT1型毒株，其中A型毒株与中东A22关系紧密，SAT1型毒株与肯尼亚疫苗毒株有相关性，但与南非疫苗毒株不同。其后在1979—1983年，苏丹由于自由放牧和缺乏免疫接种，口蹄疫时有大流行，病毒型有O、A、SAT1和SAT2型，给国家经济造成重大损失。索马里、乌干达、肯尼亚等东非国家口蹄疫流行基本无季节性和地域性差别，O、A、SAT1和SAT2型口蹄疫交错发生，且常见于牛发病，绵羊极少发病。1957年10月，肯尼亚检出C型口蹄疫病毒，为全非洲首例。东非地区主要流行4个血清型。SAT3型曾只在乌干达出现（1990年，1997年）。C型口蹄疫曾于1971年在衣索比亚，1970年和1971年在乌干达，1960年、1962—1966年、1969—1970年、2000年在肯尼亚出现。肯尼亚、乌干达、坦桑尼亚，病毒血清型很复杂，O型、A型、SAT1型、SAT2型近年都有发生。乌干达的口蹄疫历史可追溯至1953年，此后口蹄疫多次在该国暴发，涵盖了除Asia1型以外的所有口蹄疫病毒血清型。2001—2010年间，乌干达牛群中主要流行O型、A型、SAT1型、SAT2型口蹄疫病毒，虽然该国在近10年之内采取了疫苗接种、动物转运限制等措施，但口蹄疫防治效果并不理想。坦桑尼亚曾在2004年发生口蹄疫，遍及该国121个地区中的68个，共发生56610例，涉及O型、SAT1型、SAT2型。分子流行病学证实东非地区的南非型口蹄疫通常由野生动物引起，而O、A型主要是由于家畜持续感染所致。世界口蹄疫参考实验室对该区口蹄疫病毒定型结果是：SAT1型占46.2%，其次为O型占26.4%、A型占14.1%、SAT2型占11.3%。在厄立特里亚，1996年和2004年发生O型口蹄疫， 1997—1998和2006—2009年发生A型口蹄疫，1998年又检测到SAT2型口蹄疫病毒，C型、SAT1、SAT3型口蹄疫病毒以前未曾报道，而2013年的口蹄疫流行病学结果为，O型口蹄疫病毒是该区的主导血清型，其次为A型、SAT1型以及SAT2型，这一结果提示对外来血清型口蹄疫病毒的监测预警必不可少。
南部非洲口蹄疫流行大多在纬度4°以南。赞比亚中部和南部流行SAT1和SAT2型，与坦桑尼亚毗邻的东北部有O型口蹄疫。马拉维在1957—1975年发生8次口蹄疫，从1969年开始实施预防性免疫接种和封锁隔离措施，有效的控制了疫情发生。西南非洲1958年5月曾暴发A型口蹄疫，下半年再次发生并传入安哥拉，在1961年又首次发现SAT1型口蹄疫，由于采取了消毒、野生动物围栏、免疫接种等措施，于1962年底扑灭了疫情。博茨瓦纳多次发生口蹄疫疫情，主要是SAT1和SAT3型，1951年建立围栏以切断野生动物传播口蹄疫的途径。1970年6—7月，在博茨瓦纳2个地区4个地点采集非洲水牛、黑羚羊、南非大羚羊等7种动物119份OP液（Oesophageal-Pharyngeal Fluid，食道-咽部液体）和血清样品，检验结果为不一样的地区的非洲水牛有不同水平的血清抗体，并从OP液中分离出SAT 各型病毒，而其他动物隐匿口蹄疫病毒的可能性小。1948—1970年，博茨瓦纳发生8次疫情，几乎每次疫情都因非洲水牛接近牛群而引发。dy和R.S.Hedger在津巴布韦进行的非洲水牛携带口蹄疫病毒持续感染试验也有力地说明了非洲水牛在口蹄疫暴发中的作用。莫桑比克、津巴布韦、南非共和国克鲁格国家连年都有口蹄疫发生。津巴布韦在2004和2005年口蹄疫发生期间，共有300多个疫点。南非共和国克鲁格国家公园区域经常发生家畜与非洲水牛、黑斑羚等野生动物接触，促进了口蹄疫病毒的传播，该区域邻近地区的免疫缓冲带于2000—2006年共发生5起口蹄疫，但未影响到别的地方“非免疫无口蹄疫”地位。
在西非，主要存在O型、A型、SAT1型和SAT2型口蹄疫，该地区的游牧方式在口蹄疫的传播中起到了及其重要的作用，据报道，A、O、SAT2型口蹄疫的一次暴发通常会波及两个或两个以上的西非国家。2006年西非的O型口蹄疫病毒分离株为西非拓扑型，而SAT2型与北非地区利比亚2003年分离株、中非喀麦隆2000年分离株相似性很高。
从2003年1月至2008年8月，非洲共有13个国家发生口蹄疫，分别是博茨瓦纳、厄立特里亚、马拉维、利比亚、津巴布韦、南非、莫桑比克、赞比亚、尼日利亚、刚果、埃及、几内亚、。这些国家以流行SAT2型口蹄疫病毒为主，还有SAT1、SAT3、O、A等血清型。其中大部分是通过放牧、饮水或与野生动物接触而导致感染的，所以控制野生动物宿主对这些国家的口蹄疫防控有很重要的作用。从历史流行情况去看，这些国家口蹄疫疫情从未停止过，虽然采取了相应的疫病控制措施，但是效果并不理想，可能与上述国家特殊的自然环境、卫生条件、财力和综合国力有关。
印度洋岛国马达加斯加、毛里求斯、塞舌尔是“非免疫无口蹄疫国家”，南非发展共同体（SADC）南方成员国斯威士兰、莱索托、南非共和国、博茨瓦纳和都有大量的非洲水牛存在，SAT型口蹄疫病毒可在群体内持续存在，这些国家采取设置屏障、免疫缓冲带等措施控制了口蹄疫在家畜中的发生，实现了国家或地区性的“免疫无口蹄疫”。南非发展共同体北方成员国津巴布韦、赞比亚、莫桑比克、马拉维、坦桑尼亚南部在20世纪70—80年代通过广泛免疫和限制家畜的迁移控制了口蹄疫。津巴布韦在2002年以前国内家畜感染情况很少，其牛肉还可出口到包括非洲在内的国际市场，直至2002年屏障被洪水破坏，导致SAT1和SAT2型口蹄疫在国内流行，并在2002—2004年传播到邻国莫桑比克、马拉维、赞比亚。非洲大湖地区的东非共同体（EAC）成员国如坦桑尼亚、乌干达、肯尼亚、卢旺达、布隆迪和刚果西部地区具有大量的家畜及野生动物，该地区的饲养方式多为放牧，牲畜迁移比较频繁，另外刚果从乌干达、坦桑尼亚、卢旺达、布隆迪进口家畜，因此该地区可能是世界上口蹄疫疫情最复杂的地区，共有O、A、C、SAT1、SAT2这5种血清型流行，乌干达在1970年从非洲水牛中还曾分离到SAT3型口蹄疫病毒。在非洲政府间发展组织（IGAD）成员国如苏丹、厄立特里亚、埃塞俄比亚、索马里、吉布提和肯尼亚北部、乌干达北部组成一流行群。该区的埃塞俄比亚、苏丹具有非洲最大的牛群，这一地区还向中东地区出口牛和小反刍动物。非洲苏丹/撒赫勒地区流行群主要存在于苏丹西部、乍得、布基纳法索、马里、尼日利亚北部、塞内加尔、毛里塔尼亚，该区饲养方式主要为放牧，以牲畜随季节长距离迁移为特征。这一地区可能是连接IGAD与西非流行群，以及连接西非和北非流行群的枢纽，如1999年北非的阿尔及利亚流行的O型口蹄疫西非拓扑型可能与该地区的放牧方式有关，这一地区的放牧方式还与早期的牛瘟流行紧密关联。北非流行群主要存在于摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、利比亚、埃及等国家， 2003年，该区利比亚发生的SAT2型口蹄疫，可能由从亚撒哈拉地区引进动物所致。2006年，埃及发生A型口蹄疫，与东非分离株紧密关联。埃及的口蹄疫历史远至1950年，A型、SAT2型曾在1953、1958、1960年发生，此后在家畜间流行的主要是O型口蹄疫病毒。2006年以前，埃及对于大反刍动物仅免疫O型口蹄疫疫苗，该国也从未向世界动物卫生组织上报过O型口蹄疫疫情。2006年1月，埃及尼罗河三角洲地带暴发口蹄疫，持续数天，定型结果为病毒为A型口蹄疫病毒非洲拓扑型，与埃塞俄比亚的厄立特里亚省及东非肯尼亚的老毒株相似，同年2月、3月，疫情广泛传播引起了非洲水牛等牛发病，直至3月以后，发病才逐渐消退。联合国粮食及农业组织建议邻国在边界采取防控措施并取得成效，在埃及邻国并未发生A/Egypt/06毒株导致的口蹄疫。2007、2008年，埃及又有O型口蹄疫病毒导致的口蹄疫发生。至2010年，流行病学分析显示该区O型口蹄疫病毒为主导血清型，其次为A型。2012年，SAT2型口蹄疫病毒在埃及和利比亚死灰复燃，给欧洲地中海地区及世界别的地方带来潜在威胁。
就整个非洲而言，口蹄疫的流行情况很复杂，该区除了Asia1型口蹄疫外，其余型均有流行，O型口蹄疫在赤道以北的大部分非洲国家呈地方性流行，主要为东非拓扑型、西非拓扑型、欧洲-南美型，另外，O型泛亚株曾于2000年入侵南非共和国。A型口蹄疫在非洲主要分布于北非，别的地方主要为散发，A型口蹄疫在西非地区主要为非洲拓扑型，北非的阿尔及利亚、摩洛克、突尼斯、利比亚以及南非的安哥拉、马拉维的A型口蹄疫主要为欧洲-南美拓扑型。C型曾流行于东非的乌干达、衣索比亚、肯尼亚和南非的安哥拉。SAT1～3型是南非特有的血清型，在亚撒哈拉地区占有重要的地位，南非地区1931—1990年的350次口蹄疫暴发中，南非型占73%。历史上，SAT1型曾入侵北非、中东。SAT2型也在1990年、2006年入侵中东地区。南非型口蹄疫病毒可在野生动物尤其是非洲水牛中生存。在牛的南非型口蹄疫中，SAT1型占36%，SAT2型占48%，SAT3型占16%。目前，除C型外，该地区每个血清型均具有多个拓扑型，抗原差异较大，给疫苗免疫造成很大困难，另外动物迁移也未得到严控，使得非洲口蹄疫控制非常不利。通过实施对野生动物设置屏障、设置疫苗免疫缓冲带的方案，目前只有南非共和国、博茨瓦纳、、斯威士兰和莱索托这些国家的部分地区获得了“非免疫无口蹄疫”地位。
